一昔前まで日本の薬剤師は、医師の書き殴りの処方せんを解読でき、いかに素早く処方箋通り正確に医薬品を揃えられるかが求められた。従って調剤とは単に、医薬品を調合することであると考えられてきた。だが、患者とのインフォームド・コンセントが当然のこととなった現在では、調剤報酬も改定され、服薬指導、患者の薬剤投与歴の管理、後発医薬品選択、未知副作用の発見など多様な業務全てを含めて広義の調剤と呼ぶ。
麻薬、覚せい剤、覚せい剤原料、向精神薬、毒薬、劇薬、生物由来製品など、各種規制により貯蔵・陳列法、帳簿の記帳義務などが異なっており、それぞれに対応した管理が求められる。向精神薬は、病院内の職員による盗難事案も発生しており、注意を要する。また麻薬はガン患者に対する疼痛管理として近年重要性が増しており、適切な管理が求められる。また、適切な量を在庫せず必要な医薬品が無くなれば、患者の生命も左右しかねない。一方で過剰な在庫は、医薬品は高価なものも多いため余分な経費がかかり、使用期限のある医薬品の無駄につながる。
注射薬.注射剤や高カロリー輸液の混合は看護師によって行われてきたこともあった。しかし看護業務の専門化、薬剤汚染防止、そして抗がん剤等の被爆事故防止などの観点からクリーンベンチや安全キャビネットの整備された調剤所で薬剤師による調剤が必要不可欠である。 また在宅で中心栄養静脈法を利用している患者のために、クリーンベンチを備えた保険薬局も増えつつある。
原則として交付する医薬品は処方箋に従わなければならないが、「後発医薬品への変更不可」欄に処方医の署名がなければ、患者の合意の上、医師の許可なしに薬剤師が後発医薬品を選んでよい。2008年4月より前までは「後発医薬品への変更可」欄に処方医の署名がある場合に限られていた。後発医薬品の銘柄選定は、薬剤師がオレンジブックや、メーカーの信頼性、価格などを勘案して判断しなければならない。
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